执业药师资格证和注册证在多个方面存在明显的区别。

首先，两者的性质和用途不同。执业药师资格证书是通过执业药师考试后获得的，证明持有人具备从事药学专业技术工作的资格。该证书是永久有效的，是执业药师的基础资格认证。而执业药师注册证则是执业药师在获得资格证书后，以执业药师身份执业时需要申请的注册证明。该注册证具有时效性，一般有效期为5年，并且存在被注销的可能。

其次，两者的管理方式和注销条件也有所不同。执业药师资格证书的获取是通过考试实现的，其有效性并不受后续行为的影响，除非出现特定情况，如在“三区三州”、国家乡村振兴重点帮扶县等特殊地区考试成绩低于当地分数线但达到标准，此时证书有效期为3年。而执业药师注册证则需要申请注册，并受《执业药师注册管理暂行办法》的约束。如果执业药师存在如受刑事处罚、被吊销执业药师资格证书、受开除行政处分等情形，其注册证可能会被注销。此外，如果因健康或其他原因不能从事执业药师业务，注册证同样可能被注销。

至于证书不用是否会被注销，这主要取决于证书的类型和具体情况。执业药师资格证书作为基础的资格认证，其有效性并不因不使用而受影响，即不会被注销。然而，执业药师注册证是执业药师以执业身份执业的必要证明，如果执业药师在有效期内未进行执业活动或未按规定进行继续教育等，可能会影响到注册证的续期或重新注册，但并非直接导致注销。然而，如果执业药师在执业过程中存在违法行为或不符合注册要求的情况，其注册证则有可能被注销。

执业药师资格证和注册证在性质、用途、管理方式以及注销条件等方面都存在显著差异。对于执业药师来说，理解并遵守相关规定，确保资格证书和注册证的有效性，是保障其执业权益和职业生涯稳定的重要前提。